コウモリ駆除の補助金一覧｜47都道府県の助成制度

コウモリ駆除単独での補助金は限定的ですが、市町村の鳥獣被害対策補助や衛生害虫対策補助の一部としてコウモリ駆除が対象になる事例があります。本記事では47都道府県別に「補助制度を確認すべき窓口」を整理し、申請手順と注意点を解説します。

コウモリ駆除に活用できる補助制度の種類

1. 鳥獣被害対策補助

多くの市町村で、有害鳥獣の被害対策補助を運用しています。農業被害が中心の自治体が多いですが、住宅被害も対象になる場合があります。コウモリは鳥獣保護管理法の保護対象ですが、被害対策としての追い出し・封鎖工事は対象になることがあります。

2. 衛生害虫対策補助

東京都中央区・港区など一部の自治体では、衛生害虫対策の補助制度を独自に運用しています。市民の衛生環境改善を目的とした制度のため、対象範囲・補助率が自治体により異なります。

3. 住宅リフォーム補助制度

市町村のリフォーム補助制度の対象工事に「衛生面の改善工事」「侵入口封鎖工事」が含まれる自治体では、コウモリ対策費が補助対象になる場合があります。住宅課・建築指導課で確認してください。

4. 文化財保護関連補助

神社・寺院・古民家・文化財などでのコウモリ被害は、文化財保護関連の補助制度の対象になる可能性があります。自治体の教育委員会・文化財課、文化庁の関連制度を確認してください。

申請手順の標準フロー

1. 市区町村窓口での制度確認：生活衛生課・農林課・住宅課で対象工事・補助額・申請条件を確認
2. 施工業者の見積取得：補助対象となる工事内容で見積書を作成してもらう
3. 申請書類の準備：申請書・住民票・所得証明・見積書等を揃える
4. 事前申請：工事契約前または着工前に申請（事後申請不可の自治体が多い）
5. 交付決定通知の受領：補助金交付決定を確認してから工事契約
6. 工事の実施：補助対象として認められた範囲で施工
7. 完了報告と精算：工事完了後、領収書・完了写真等を提出し補助金を受領

申請時の注意点

事前申請が原則

ほとんどの自治体で事前申請が原則です。工事契約・着工後の事後申請は受け付けない自治体がほとんどのため、駆除工事の契約前に必ず制度確認と申請手続きを進めてください。

予算枠と申請期限

補助金は自治体の年度予算で運用されるため、予算枠が無くなった時点で受付終了となります。新年度開始直後（4月）の申請が確実です。

対象工事の範囲確認

「コウモリ駆除」「侵入口封鎖」「糞清掃」など、自治体ごとに対象範囲が異なります。見積書の項目別に対象可否を確認してください。

6-8月の施工禁止期間との関係

コウモリ駆除は6-8月が施工禁止期間のため、補助金申請も季節を考慮した計画が必要です。春シーズン施工（4-5月）または秋シーズン施工（9-10月）に向けて、事前申請を進めましょう。

47都道府県別 補助制度の確認窓口

以下は各都道府県でコウモリ駆除関連の補助制度を確認すべき主体のリファレンスです。市町村単位での制度のため、お住まいの市区町村に直接お問い合わせください。

東京都の独自制度の例

東京23区では、いくつかの区が衛生害虫対策の独自補助制度を運用しています（2026年5月時点の傾向）。

• 中央区：衛生害虫対策助成の事例あり
• 港区：衛生害虫駆除助成の事例あり
• 千代田区：衛生害虫対策の相談・助成事例あり

※具体的な金額・対象条件は年度により変動するため、必ず最新情報を区の生活衛生課で確認してください。

補助制度を最大限活用するコツ

1. 複数の補助制度を併用する

コウモリ駆除と同時に屋根修繕・外壁シーリング改修を行う場合、複数の補助制度を併用できる場合があります。市町村窓口で「併用可能な補助制度」をまとめて確認してください。

2. 雑損控除（所得税）の活用

補助金で賄えない部分については、所得税法上の雑損控除（災害等による損失）の対象となる可能性があります。確定申告時に税務署または税理士に相談してください。

3. 神社・文化財の場合は文化財関連

神社・寺院・古民家・文化財の場合は、自治体の教育委員会・文化財課、文化庁の関連制度の確認が有効です。歴史的建造物の保全に配慮した特殊施工が補助対象になる可能性があります。

申請に必要な書類（一般例）

• 補助金交付申請書（自治体所定様式）
• 住民票（世帯全員のもの）
• 所得証明書（前年分）
• 施工業者の見積書（項目別内訳付き）
• 建物の登記簿謄本・図面
• 被害状況の写真
• 納税証明書（市税の未納がないこと）
• 施工業者の許可・資格証明（自治体により要求）

※自治体ごとに必要書類は異なるため、事前に窓口で確認してください。

賃貸オーナー・空き家オーナー向けの注意

賃貸物件や空き家のオーナーの場合、補助金の対象となるかは自治体により異なります。居住者のみを対象とする自治体もあれば、オーナーも対象とする自治体もあります。空き家活用の補助制度との併用も検討対象です。

神社・文化財の特殊ケース

神社・寺院・古民家・文化財などでのコウモリ被害は、以下の特殊な補助・支援制度を確認してください。

• 文化財保護法関連の補助：文化庁・都道府県教育委員会
• 登録有形文化財の維持管理補助：自治体の文化財課
• 歴史的建造物保存活用補助：景観行政の補助制度
• 宗教法人としての補助：自治体ごとに対応が異なる

沖縄県の特殊ケース

沖縄県には特別な保護種であるクビワオオコウモリが生息しています。アブラコウモリとは異なる大型のコウモリで、駆除には特別な配慮が必要です。沖縄県でコウモリ被害が発生した場合は、種類の特定と県の鳥獣行政部署への相談が補助制度確認の前提となります。

まとめ：制度確認を必ず事前に

コウモリ駆除の補助金は、市町村単位の鳥獣被害対策補助・衛生害虫対策補助・住宅リフォーム補助の一部として運用されている事例が中心です。事前申請が原則のため、施工業者と契約する前に必ずお住まいの市区町村窓口で確認してください。各都道府県別の確認窓口は本記事の表でご確認いただけますが、最新情報は必ず自治体公式サイトおよび電話で再確認しましょう。